时任北京大学校长的吴树青以及其他领导的共同支持下，在北京大学创立了中国经济研究中心，力图打造一个国际一流的经济学科研和教学机构，同时也为中国改革开放与发展提供理论方面的支持。
成立之初的中国经济研究中心由林毅夫担任主任。他重新回到北京大学时曾豪言道：“下一个世纪将是中国经济学家的世纪。”
当时的林毅夫踌躇满志，意气风发。1992年，他获得了中国经济学界的最高奖项“孙冶方经济学奖”。紧接着，次年他又被授予“国家级有突出贡献的青年科学家”称号以及香港中文大学“大卫?莱姆经济学家”的荣誉称号。同年，他还获得了国际经济学界的认可，美国中国经济学会授予林毅夫“终身成就会员”荣誉。同时，他还获得美国明尼苏达大学国家粮食和农业研究中心政策论文奖等。在这样的成就和光环之下，那样的豪言壮语显然不是空话。回看中国近几年经济发展所取得的成就，人们不得不为林毅夫当年的先见之明感到叹服。
1994年，北京大学正式确立了中国经济研究中心的实体地位，并进行了人事任命，办公地点在北大老教学楼109号办公室。从这里，6位经济学者开始了中国经济梦想的扬帆之旅。
北京大学中国经济研究中心在林毅夫的带领下，发展势头迅猛，不但在国内站稳了脚跟，在国际上也获得了肯定和众多殊荣，成为中央政府决策的重要智库之一。
1995年3月，在北京大学、世界银行、美国福特基金会 、洛克菲勒基金会 、德国诺曼基金会的共同支持下，中国经济研究中心举行了隆重的成立大会。诺贝尔经济学奖获得者道格拉斯?诺斯和罗伯特?蒙代尔都在成立大会上作了专题学术报告。已经95岁高龄，对林毅夫有着知遇之恩的我国老一辈著名经济学家陈岱孙还对中国经济研究中心的成立致辞祝贺。
北京大学中国经济研究中心在发展过程中还受到了社会各界的捐助，林毅夫的哥哥林旺松 就是资助人之一。
2004年，北京大学中国经济研究中心当选为“教育部人文社会科学百所重点基地”。自2005年以后，该研究中心还曾3次被《福布斯》中文版评为“中国最具价值商学院”第一名。
2008年，在原来为国家培养众多经济人才，为政府改革开放决策提供了无数重要建设性建议的北京大学中国经济研究中心的基础上，组建了北京大学国家改革发展研究院。它以更加强大的实力和更为广阔的眼界，关注着国家的改革发展和中国社会科学的学术研究与发展，而原先的北京大学中国经济研究中心作为学院的一个独立机构继续发挥着其在经济理论与政策研究方面的巨大作用。
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