因为生病，陈寅恪开始了他的第二次学术转向。1953年，在清华时的学生蒋天枢，他寄来了长篇弹词《再生缘》，陈寅恪听了，大受震动。他认为，这就是中国式的史诗，以前大家以为中国是没有史诗的，而《再生缘》就是史诗。陈寅恪在病中，用口述的方式撰写《论再生缘》。由此，他开始了对明清历史、文化的探索。
《论再生缘》完成了。封面依然是唐筼题写的。但当时无法正式出版，陈寅恪只能请人用蜡版刻印，分送友人。“文章我自甘沦落，不觅封侯但觅诗”，全书结尾处，陈寅恪用自己的两句诗隐喻心境和志趣。
在陈寅恪的晚年，像他这样学问和思想都很高的人越来越少，听他课的学生也越来越少，他所看重的学生也不跟他了。到了1958年，陈寅恪竟成了学术界“拔白旗”的对象。他不再教课，转为专力著述。
虽然那时候陈寅恪的学问已经不为主流学术所推崇，但是他仍然沉浸在他所构筑的那个纯粹的学术世界中。他依然坚持用文言文写作，他还固执地坚持用繁体字竖排出版自己的著作。他强调文责自负，著作里的每一个字都是自己的，甚至不允许别人改动一个标点。
晚年的陈寅恪不顾双目失明，疾病缠身，口述《柳如是别传》。这部百科全书，皇皇85万言，写得很艰难，陈寅恪为此耗费了整整10年的时间。这部“痛哭古人，留赠来者”的书，展示了百年中国的一位大学者的大手笔。全书“忽庄忽谐，亦文亦史”，极其丰富的史料，经过精密的排比和考据，与自由穿插其间的陈寅恪天才般的感悟融为一体，书中浓缩了陈寅恪一生的学养和志趣。
《柳如是别传》完成时，陈寅恪已75岁，疲惫交加，又遭受迫害，在病床上度过了他孤独寂寞的几年。
1969年10月7日，陈寅恪走完了他79年的生命历程。弥留之际，他一言不发，只是眼角不断地流泪。
【人生感悟】
只有一个纯粹的人一个执著于理想的人，才能耐得住人生中的寂寞，才能不媚俗、不取宠，做真正的自己。真正的大学者、大人物，多是历经大磨难、耐受大寂寞，才成得大事业，获得大智慧的。
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