当地生活贫困，需要帮助的孩子还有很多，于是萌生了帮助孩子和村民的念头。恰好时任亚洲开发银行中国首席经济学家的汤敏博士对此也饶有兴趣，二人便产生了用尝试小额贷款帮助当地农民致富，而不是单纯提供救助的想法。在茅于轼看来，授人以鱼不如授人以渔，“输血救济”并不能使农民从根本上摆脱贫困，必须建立一种机制帮助他们走向市场，利用市场交换的力量创造价值，从而实现致富。
1993年9月，茅于轼找到了小韩提到的好老师雒玉鳌，并提供了500元的资金，正式成立了龙水头扶贫基金会。茅于轼亲自制定了章程，规定基金有两种用途：“扶贫基金”用于治病、治伤及求学，可贷款1年，不收利息；“付息基金”用于生产，如买化肥、经商、出门打工等，可借款6个月，要收利息。
基金成立之初，恰巧村民雒改娥的儿子得了肺炎需要钱治病，雒玉鳌犹豫了一下，最终写下了基金会的第一张借款单据。半年后，雒改娥还上了这笔借款。慢慢地，扶贫基金会在当地的名声越来越大，借钱的人也越来越多，后经茅于轼多方活动，很多朋友对基金会伸出援助之手，基金规模也不断扩大。
茅于轼的扶贫基金会在当地产生了重要影响，让龙水头这个小山村发生了巨大的变化。村民们借助基金进行创业，一改过去僵化的思维，渐渐摸到了利用市场去致富的门路。很多村民都盖了房子，看上了电视，用上了电话。
扶贫基金会给这个偏远的小山村带去的不仅仅是资本，更是一种新的思想。村里赌博的现象基本消失了，村民们争做创业先锋，茅于轼用他的扶贫基金为村民送去希望的同时，也传播了他的市场理论。利用基金利息成立的助学金也鼓励了山村农民对子女的教育。可以说，这是一次伟大的尝试。然而，扶贫基金也给茅于轼带来了困扰。
从设立之初，龙水头村的扶贫基金就存在与政策相抵触的方面，在央行严格的金融管制之下，是不允许私人募集和提供资金贷款的，所以基金的合法性受到了质疑。基金运作过程中，国际上一些扶贫机构向茅于轼发出了合作意向，但合作计划最终都是由于中国的金融管制政策而夭折了。
对于国家金融体制来说，茅于轼的实验无疑于畸形产物。严格控制的金融机制使资金大量流入了国有企业和发达地区，而农民贷款难、融资难的情况一直都没有得到根本改观。
因此茅于轼主张国家应开放信贷市场，允许私人放贷。有些人对此表示担忧，认为一旦开放私人信贷市场就会滋生大量的高利贷。对此，茅于轼的解释是，正是因为没有开放私人小额信贷市场，高利贷现象、地下钱庄才频频出现，如果使这些行为合法化，根据市场供求平衡原则，总会达到一个合适的利率水平，也就不存在所谓的高利贷现象了。
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