杨涟有规律的被五天拷打一次，每一次都打到不能打为止，几次下来，杨涟体无完肤，史料有云：“皮肉碎裂如丝”。
如此酷刑却依旧无一字供词。
对于这样的一个对手，魏忠贤是很恐惧的，因为自己怎么做都征服不了这个对手，无法战胜，也不可战胜。
一个皇帝都可以被自己玩弄于股掌之中，对于这样一个人，实在没有办法。
魏忠贤很清楚，杨涟是绝对不能放走的。无论如何，必须将他杀死，且不可走漏风声。
许显纯接到了指令，他信心十足地表示，杨涟将死在他的监狱里，悄无声息，他的冤屈和酷刑将永无人知晓。
这是他的拿手好戏，请厂公放心。
对于这一点，杨涟自己也很清楚，他可以死，但不想死得不明不白。
所以，在暗无天日的监房中，杨涟用被打得几近残废的手，颤抖地写下了两千字的绝笔遗书。在遗书中，他写下了事情的真相，以及自己坎坷的一生。
遗书写完了，却没用，因为送不出去。
为保证杨涟死得不清不楚，许显纯加派人手，经常检查杨涟的牢房，如无意外，这封绝笔最终会落入许显纯手中，成为灶台里的燃料。
于是，杨涟将这封绝笔交给了同批入狱的东林党人顾大章。
顾大章接受了，但他也没办法，因为他是东林重犯，如果杨涟被杀，他必难逃一死。且此封绝笔太过重要，如若窝藏必是重犯，推来推去，谁都不敢收。
更麻烦的是，看守查狱的时候，发现了这封绝笔，杨涟的所受折磨酷刑即将再次被黑暗隐没。
他面对监狱的看守，坦然告诉他所有的一切，然后从容等待结局。
短暂的沉寂后，他看见那位看守面无表情地收起绝笔，平静地告诉他：这封绝笔，绝不会落到魏忠贤的手中。
这封绝笔开始被藏在牢中关帝像的后面，此后被埋在牢房的的墙角下，杨涟被杀后，那位看守将其取出，并最终公告于天下：
······仁义一生,死于诏狱,难言不得死所,何憾于天,何怨于人?唯我身副宪臣,曾受顾命,孔子云：托孤寄命,临大节而不可夺.持此一念终可见先帝于在天
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